Den store fordel ved NTFS er udover self. at det i sig selv er hurtigere end FAT, så er det også muligt at opsætte forskellige bruger rettigheder for hver fil og biblioteker, hvilket jo er et must for et flerbruger system som NT/2K/XP! Derudover har man også mulighed for at vælge alokerings størrelsen, så man f.eks. kan optimere disken til lager, eller til system diske osv. alt efter hvilke filer og hvad de skal bruges til, på disken...
F.eks. ville det være en fordel at bruge en lille alokerings størrelse hvis disken/drevet skal bruges til lager, hvor filerne ikke direkte skal køres fra, men man kan på den måde få optimalt udbytte af diskens plads.
Ved at bruge en større alokerings størrelse kan man opnå en højere hastighed, fordi disken kan læse større "bidder" ad gangen, men på bekostning af spild plads...