Lyder underligt... Sidder ram, stik osv. som det skal? Kunne lyde som en eller anden form for løs forbindelse?
Prøv at lave en komplet scandisk på din harddisk, for at se om der evt. skulle være nogle badsektors den står og hakker i?
Synes ellers ikke rigtig at en software fejl skulle kunne generere sådan en vilkårlig opstarts tid... Og selvom du skulle ha sat din harddisk til "master" og du kun havde én enhede på primær IDE, så burde den bare have langsom opstart, hver gang!