fat (16) har en grænse på 2gb (svh)
fat32 har ikke nogen grænse, men skulle blive relativ ueffektiv når man kommer på store partitioner.
NTFS er nyere og har funktioner som kryptering og rettigheder, og har vidst heller ikke nogen nævne værdig størelses grænse.
Hvad der endegyldigt er bedst kan jeg sætte en finger på og sige den. Der er mange tråde på sitet her om det så det er blot at søge i foraet.
Overskriften passer i øvrigt heller ikke særlig godt til dit spørgsmål, du kunne have specifiseret det til noget med fil systemer.
/Kingu