Hvis den kørte fint inden du konverterede, så lyder det underligt.
Men her er min erfaring med den slags ting:
I de tidlige UDMA dage, var der nogle boards - specielt dem med via chipset - som fungerede bedst, hvis man i bios simpelthen gik ind og DISABLEDE udma - dont ask me why.
Jeg har ikke den store erfaring med den problematik i linux, men jeg kan forestille mig, at det samme er gældende. Windows er selv i stand til at "overtage styringen" og sætte den til at løbe UDMA, hvis det er muligt - på trods af at du i bios har angivet noget andet.
Det burde ikke gøre nogen forskel, om den kører fat eller nfts.