Umiddelbart burde der ikke ske noget med filerne på dit raid setup da det jo stadig er den samme controller du bruger. Bare sørg for at sætte have dine hdd's på samme porte, så burde det ikke være noget problem.
Som vanovich siger skal du self sætte arrayet op igen så bios ved at den skal starte på dit raid og sådan noget, men en formatering burde ikke være nødvendig.