Som du selv siger, så kan det ikke være meget andet end bundkortet. Du kan jo nemt teste det ved at "kortslutte" de to steder, hvor tændknappen tilsluttes normalt. Så skulle den jo også gerne tænde. En ledende skruetrækker eller lignende er fin til formålet.
Du kan måske vælge i BIOS at tænde computeren via keyboardet. Det ved jeg er en mulighed på mange nyere bundkort. Prøv at kigge efter.