Du skal overhovedet IKKE kunne se dine diske i BIOS???
Du skal kun kunne se dem i RAID bios oversigten - og det forstår jeg det også som om du kan.
Uanset hvad, gør du det korrekt hvis den kan finde arrayet osv, men når du installerer windows, gør du klogt i kun at have de to raid diske sat til - dvs alle andre diske skal du pille stikket ud af.
Så installerer du windows som du hele tiden har gjort - og når det så er færdiginstalleret sætter du BIOS til at boote fra RAID controlleren - stadig uden andre diske sat til OVERHOVEDET.
Dit problem er sikkert at windows kan se både dit array, men også andre diske med tidligere overladte filer fra en gammel windows installation - og det giver kun problemer.
HVER gang du efterfølgende sætter en disk til maskinen, skal du gå i BIOS og tjekke at boot stadig står til RAID controlleren - hvorefter du sørger for at få de andre formateret for at fjerne alle resterne..
EDIT : Alt dette har du stort set selv opdaget i #8 - og det er lige hvad jeg ville gøre. Dit gamle C drev snupper de vigtige filer fra installationen - det er grunden til det ikke virker.