Efter hvad du skriver, tyder noget på, at det ene array ikke er blevet konfigureret korrekt (Vista ser to diske på 320 GB i stedet for et array på omkring 600 GB).
At Vista ikke vil starte efter din konfiguration, men kommer med en fejl om, at den ikke kan finde "<windows-rod>\system32\ntoskrnl.exe" er en indikation om, at computeren ikke booter på den korrekte disk (array).
Prøv følgende:
1. Vær helt sikker på, at dine RAID arrays er OK - konfigureret korrekt, og det ønskede array er markeret som et bootable array.
2. Vær sikker på at det "rigtige" array er valgt som første boot-drev i din BIOS.