Nej, det gør de ikke.
Når du laver en ny installation af windows, vil den nye installation ikke vide hvad du tidligere har lavet på en anden partition. Der skal du re-installere hel dynen igen.
Det smarte ved at have 2 partitioner er, at man kan bruge imaging-programmer (Som Ghost/Acronis/R-drive) til at lægge et image af system-partitionen. Det gør så, at du kan genskabe system-partitionen igen med samme program meget hurtigere end du vil kunne re-installere windows.
Du vil også kunne lægge dokumeter og andre filer på partition nummer 2, så de vil være gemt hvis du får brug for at re-installere/genskabe et image.
Et utroligt lækkert image-program som Acronis kan købes for ca. 50 $, hvilket er billigt for et program som virker de næste par år.