Det skulle nok kunne lade sig gøre at vandkøle den - det er der som sagt andre, der har gjort før.
Men personligt synes jeg (det er selvfølgelig smag og behag), at ideen går lidt af både vandkøling og Shuttle, når man er nødt til at vælge meget små dele, og samtidig sætte det meste udvendigt på kabinettet.
Så jeg synes, du lige skal overveje en ekstra gang, om ikke Micro-ATX er en bedre løsning? Det er lidt større, men du kan få nogle rigtig fede kabinetter, efterhånden også nogle gode bundkort, du har mere frihed mht. til indretning, og så kan du genbruge kabinet+vandkøling, når du en dag vil have nyt bundkort.