Hvis den raid controler har din egen cpu og måske et eget bufferlager/ram så jo det vil give mere i ydelse, fordi onbaord controler skal igennem NB og der ved belaster denne som i fovejen har rigeligt at es til (ram,gfx m.m.). hvor imod en pci-controler går igennem SB (sådan som jeg har forstået det) og når den så tilligmed selv kan styre HDD der er koblet til den aflaster dette også din cpu.
Håber det gav lidt klarhed omkring dit spørsmål.