Så tror jeg det lykkedes at finde problemet, og få det løst...
AHCI var blevet disabled i min BIOS på en eller anden måde, så det gjorde at Intel Matrix Storage controller ikke kunne installeres, som er krævet for ITM kan installeres...
Fik AHCI Enabled, og (selvom jeg ikke troede den kunne) så bootede Vista fint - det er desværre dog umuligt for mig at enable ITm nu, så skal lave en clean install af Vista - men problemet er umiddelbart løst...