Av. Dine diske er højst sandsynligt formateret til ext3/4. Hvis de er sat op med reiserFS, NFS, JFS, XFS eller andet exotisk, kan jeg ikke hjælpe. ext2/3/4 er til at forstå 😛
Du har flere muligheder.
Den letteste er at lave en USB-stick med en live linux distro, som f.eks. Ubuntu og så boote fra den, kopiere indholdet over på andre diske via netværket, USB, eSATA osv. Du kan lave en live USB-stick med UNetBootIn.
Ubuntu kan godt læse NTFS, så du kan godt smide en Windows-kompatibel disk i linux maskinen og kopiere direkte til den.
Windows kan ikke læse ext2/3/4 som standard, men du kan få adgang til disken med bl.a. ext2fsd og ext2ifs. Men hastigheden kan godt variere en del og min erfaring er at det går hurtigere i et native Linux miljø.
Hvorfor sætter du ikke bare en ny disk i serveren og sætter Linux op igen og mounter dine diske som de sad før?