Problemet er at når du har flere harddiske sat til når du installerer Windows (gjorde du ved rep af Windows) kan det nemt ske at boot filen kommer til at ligge på en anden disk end den du faktisk installerer Windows på.
Jeg troede det ikke selv før det skete for mig selv. Jeg prøvede selv, da jeg fik mine SSD'er at installerer Windows på dem, men boot filen havnede på mine RAID 0 harddiske istedet, hvilket betød at hvis jeg koblede dem fra ville den faktisk slet ikke boot fra SSD'erne.
Jeg har målt opstartstid, og der er faktisk noget af en forskel på denne om boot filen ligger på mine harddiske eller mine SSD'er.
Det er sikkert samme problem du har.
Først fjerner du alle harddiske med undtagelse af SSD, derefter køre du en Windows rep. og får Windows startet op igen. Mål evt. start tid, for at se om den er forbedret uden at have andet end SSD'en i.
Er din start tid forbedret kan du roligt sætte dine andre harddiske til. Er den ikke, ja så er problemet et andet sted.