Lyder mest som MBR er gået i ged, det sker ofte nok, når man har mere end en disk sat til under installation af Windows.
Prøv at slå alle diske fra, pånær den som du vil installere OS på.
Hvis du allerede har installeret OS på den, prøv først med at lægge Windows disken i og vælg reparer.
Hvis det ikke løser problemet, prøv i stedet med at installere OS forfra. Bare husk kun at have den ene disk slået til under installationen.