Som udgangspunkt: Ja. For den ene spinner langsommere end den anden... Den hurtigste løber kommer også oftest hurtigst i mål.
Hertil kommer så om begge (2,5 og 3,5) har samme interface m.m.
Hvis du er ude efter en ny boot disk (til OS), så ville jeg kigge på en SSD, hvor du vil opleve en helt anden læse/skrivetid.