Det burde du godt kunne. Ligger dit OS på diskene? I så fald, så skal du ændre i registreringsdatabasen lige før du kloner, lave det tilbage og skift diskene ud.
Det du skal ændre er hvilke drivere Windows skal bruge til den type disk du bruger. Fx bruger dit Windows sikkert en RAID driver, og det vil det ikke kunne starte op med på en ikke RAID disk.
Jeg gik selv fra det modsatte. En enkelt SSD til 2 i RAID0. Fandt en guide på nettet til at ændre fra AHCI til IDE, det vil være næsten det samme, så du må ud på det store internet og søge lidt 🙂